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La liofilización al vacío utiliza la sublimación: los materiales se congelan rápidamente a bajas temperaturas, tras lo cual las moléculas de agua se subliman directamente del hielo al vapor bajo vacío. Mantenido a bajas temperaturas durante todo el proceso, el material preserva cristales de hielo distribuidos uniformemente, eliminando así los riesgos de concentración causados por la deshidratación. Este mecanismo evita efectos secundarios como la formación de espuma y la oxidación. El producto final presenta una arquitectura porosa de "esponja seca", manteniendo el volumen original para una rehidratación completa mientras se minimiza la degradación física, química y biológica.
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